差異如下：
1、概念不同
護照由持有人所在國簽發，用于在境外表達持有人的身份和國籍信息。相當于在國外使用的身份證。通常用作清關文件。
它本質上與護照類似，但出入境通行證的使用范圍也比較特殊。一般是在特定地區使用，不一定在海外。例如，在香港和澳門使用港澳通行證，在臺灣使用臺灣通行證。類似的還有邊防證，在中國大陸一些邊境地區使用。
2、使用目的不同
護照主要用于出國旅行，可以在其他國家用來證明自己的身份。出國旅游時，可以在香港、澳門停留。
港澳通行證是境內居民因私前往香港、澳門特別行政區、探親、從事商務、培訓、就業等非公務活動所使用的。
3、加工價格不同
首次辦理護照費用為人民幣200元，補發護照費用為人民幣400元/本。
往來港澳通行證費用為新臺幣100元，每次簽注為新臺幣20元。二次簽注每張新臺幣40元，另加簽注費新臺幣20元。
4、有效期不同
成人護照的有效期一般為10年，未成年人護照的有效期為5年。
港澳通行證的有效期一般為5年。 2014年9月15日，香港、澳門電子通行證全面實施。成人港澳電子通行證有效期延長至10年。 16歲以下的，有效期仍為5年。
5、使用范圍不同
護照主要在國外使用，通行證主要在港澳臺及部分邊境城市使用。
參考：
百度百科-出入境通行證
百度百科-護照
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